Die Orgel wurde ursprünglich für die Kirche des Hamburger Waisenhauses am Rödingsmarkt erbaut. 1785 wurde dieses Gebäude aufgegeben, da ganz in der Nähe eine neue Einrichtung mit einer ebenfalls neuen Orgel gebaut wurde. Die alte Orgel von Schnitger wurde nach Grasberg verkauft.
 
Die Mixturen in Haupt- und Brustwerk sind noch original. Es sind die für die Zeit um 1700 typischen, relativ hohe Klangkronen, die sogenannte "schneidende Schärfe".
 
Die Farbgebung der Orgel ist nicht original. Neben dem Flachfeld auf der rechten Seite wurde auf dem Rahmenstück die alte Bemalung freigelegt. 
 
1788 Umsetzung nach Grasberg durch Georg Wilhelm Wilhelmy, Stade
Dies war kein reiner Umzug, sondern ein Umbau. Das "Ober Clavier", welches vorher in einem Gehäuse zwischen Hauptwerk und Pedal stand, wurde in ein Brustwerk umgebaut. Das Gehäuse vorne wurde verbreitert, insgesamt erhöht und wahrscheinlich auch die Seitentürme in Rundtürme umgebaut. Wilhelmy nutzte die in Grasberg vorhandene größere Raumhöhe aus.   Infolge der Veränderungen wurde auch die Traktur zum Teil erneuert. Im Pedal neue Posaune 16 aus dem Dulcian 16 bSchnitgers, im Brustwerk statt der Plockfloit von Schnitger eine neue Rohrflöte. Die  Pedalmixtur wurde verkleinert. Das Cornett 2 dort entfiel. Die neuen räumlichen Verhältnisse führten auch zu Änderungen in der Aufstellung der Pfeifen.

1826 Instandsetzung nach Witterungseinflüssen im Kirchendach durch Georg Wilhelmy
1859-1862 Umdisponierung durch Johann Heinrich Rohdenburg, Lilienthal
Statt Nasat 3 und Sexquialt jetzt Gamba 8 und Bordun 16

1918 Ablieferung der 65 Prospektpfeifen Schnitgers zu Kriegszwecken
1950 Instandsetzung durch Paul Ott, Göttingen
Hierbei wurden leider die Pfeifen verändert, gemäß der damaligen Auffassung

1985 Abschluss der Wiederherstellung des von Wilhelmy 1788 geschaffenen Zustands durch  Gebr. Hillebrand, Altwarmbüchen
 
  Schnitger:   Gehäuseoberteil (mit Veränderungen), Register: 5 von 8 im Hauptwerk,
                   5 von 6 im Brustwerk, 4 von 7 im Pedal, Windladen