In St.Jacobi steht die größte erhaltene Orgel von Arp Schnitger.

Schnitger verwendete, wie ja bekannt ist, in vielen Neubauten Stimmen aus den Vorgängerinstrumenten und hatte hier nicht weniger als 25 Labialstimmen übernommen. So findet sich eine Kollektion an Registern aus dem Anfang des 16. Jahrhunderts, um 1600, des frühen 17. Jahrhunderts, von Schnitger und des 18. Jahrhunderts.

In der Folgezeit gab es immer wieder Eingriffe in die Disposition. Eine durchgreifende Veränderung fand glücklicherweise aber nie statt.

Besondere Bedeutung erlangte die Orgel durch die Wiederentdeckung  durch Hans Henny Jahn und Gottlieb Harms 1919. Die durch die fehlenden Prospektpfeifen dezimierte Orgel wollte Jahn wieder zu neuem Glanz verhelfen, wobei er auch den Leipziger Thomaskantor Günter Ramin zur Unterstützung gewinnen konnte. Durch seine initiierten Benefizkonzerte und die Organistentagung 1925 wurde sie einer breiten Öffentlichkeit bekannt gemacht. Es konnten bald neue Prospektpfeifen eingebaut und eine Überholung stattfinden.

1942 lagerte man die Windladen, Pfeifen und Ornamente in einen Bunker aus. Das Originalgehäuse wurde jedoch 1944 bei einem Bombenangriff zerstört.

 

Von Schnitger sind: 43 Register ganz oder teilweise, Windladen
 
Die Chronik siehe unten
 

In St.Jacobi stand ursprünglich eine 1516 von Jacob Iversand und Harmen Stüven erbaute Orgel.

Im 16. und 17. Jahrhundert arbeiteten daran namhafte Orgelbauer wie Jacob Scherer, Dirck Hoyer, Hans Bokelmann und Hans Scherer, Vater und Söhne.

1635 führte Gottfried Fritzsche einen größeren Umbau durch

1656 fand eine gründliche Renovierung durch Hans Christoph Fritzsche statt.

1689-1693 Neubau durch Arp Schnitger, unter Verwendung zahlreicher Register der Vorgängerinstrumente

1722 Überholung durch Otto Dietrich Richborn. Dispositionsänderung.

1761 Umdisponierung durch Johann Jakob Lehnert

1775 Neue Klaviaturen durch Johann Paul Geycke

1790 Dispositionsänderung durch Johann Daniel Kahl

1836 und 1846 Dispositionsänderung durch Johann Gottlieb Wolfsteller. Die Maßnahmen umfassten ca. 7 Register

1866 Neue Kanäle und Ausgleichsbälge

1890 Dispositionsänderung und pneumatische Zusatzlade im Brustwerk durch Marcussen

1917 Ablieferung der Prospektpfeifen von Hauptwerk, Rückpositiv und Pedal

1926 Rekonstruktion der Prospektpfeifen im Hauptwerk und Rückpositiv durch Kemper, Lübeck

1928-1930 Abbau wegen Senkung und anschließender Stabilisierung und Zurückschieben.
Überholung, u.a. ersetzen der noch fehlenden Pfeifen des Prinzipal 32, allerdings in Kupfer.
Schwellkasten um das Oberwerk. Die Arbeiten führte Kemper, Lübeck aus, unter Beratung von Jahn, Mahrenholz und Schweitzer

1942 Auslagerung der Windladen, Pfeifen und Ornamente

1944 Vernichtung des Gehäuses und der Spielanlage bei einem Bombenangriff

1950 Provisorische Aufstellung durch Kemper. Dabei Substanzverlust, sogar durch Einschmelzen.

1961 Aufstellung mit rekonstruiertem Gehäuse am alten Platz

1985 Bildung einer Orgelkommission zur Vorbereitung der Restaurierung

1986 Beginn der Restaurierung durch Jürgen Ahrend, Leer
Restaurierung/Rekonstruktion der Register auf den Stand von 1693
Rekonstruktion der Spielanlage und von 6 Keilbälgen
Rekonstruktion des Gehäuses

1993 Abschluss der Restaurierungsarbeiten